A 17. században Felső Magyarországon éles ellentétek alakultak ki a lutheri és helvét egyház között, amelyek főleg a teológiai vitákban és írásbeli polémiákban nyilvánultak meg. A lutheri gyülekezetek által uralt szabad királyi városok szigorúan elhatároltak magukat a reformáció más irányzataitól, és a városi tanácsok szigorúan felügyelték az egyházi életet. A református prédikátorokat üldözték és a reformátusoknak csak Kassán és Eperjesen sikerült gyülekezetet létrehozni, mindkét esetben a hosszú harc után és a fejedelmi támogatással. Máshol legfeljebb a kryptokalvinizmus formájában terjedhettek a helvét eszmék.