A 17. században Felső Magyarországon éles ellentétek alakultak ki a lutheri és helvét egyház között, amelyek főleg a teológiai vitákban és írásbeli polémiákban nyilvánultak meg. A lutheri gyülekezetek által uralt szabad királyi városok szigorúan elhatároltak magukat a reformáció más irányzataitól, és a városi tanácsok szigorúan felügyelték az egyházi életet. A református prédikátorokat üldözték és a reformátusoknak csak Kassán és Eperjesen sikerült gyülekezetet létrehozni, mindkét esetben a hosszú harc után és a fejedelmi támogatással.
Kónya Péter
1667-ben megnyílt Eperjesen a Felsé-Magyarországi trendek Kollégiuma, a magyarországi evangélikusok első főiskolája. Alapításának több belső és külső oka volt. A Kollégiumban teológiát, jogot és filozófiát is tanítottak, ami sok diákot különboző vármegyékből vonzott Eperjesre. 1711-ig a Kollégium többször gazdát váltott, s végül több mint fél évszázadra kitelepítetté a külvárosba. Tanított és tanult benne több jelentős személyiség.
